Серед багатьох потужних і корисних характеристик Paint.NET слід відзначити можливість роботи з шарами (зокрема з прозорими), роботу зі сканером і камерою, масштабування, видалення ефекту червоних очей, повна історія змін і багато чого іншого. Підтримувані формати: BMP, IPEG, PNG, TIF, GIF та власний формат PDN.

Особливості Paint.NET:

- Простий інтуїтивно зрозумілий інтерфейс. Всі особливості і елементи інтерфейсу проектувалися з розрахунком на те, щоб користувач негайно приступив до роботи над тим або іншим зображенням.

- Шари. Як правило, тільки дорогі платні програми для роботи із зображеннями уміють працювати з шарами. Paint.NET надає цю можливість безкоштовно.

- Потужні інструменти. Paint.NET має потужні, але прості інструменти для роботи з векторною графікою, виділення (чарівна паличка), клонування зображень, а також простий текстовий редактор, інструменти для масштабування (від 1% до 3200%) і заміни кольору...

- Необмежена історія. Для виправлення можливих помилок допущених в процесі редагування фотографій або малюнків в програмі Paint.NET передбачена функція історії. Кожна ваша дія може бути видалена і потім відновлено знову. Довга історії обмежується тільки доступним дисковим простором.

- Спеціальні ефекти. Paint.NET містить безліч спеціальних ефектів для поліпшення зображень. Окрім стандартних, знайомих нам по аналогічних платних програмах, присутній також унікальний ефект - 3D обертання. Звичайно є в наявності і такі незамінні функції як яскравість зображення, контраст, відтінок, насиченість і т.п.

- Плагіни. Для графічного редактора Paint.NET розроблено безліч плагінів, що збагачують можливості програми або просто додають нові спецефекти.